ZOOM Lite är nästa generations kartläggning sekvenseringsdata och visualiseringsprogram. Användare ingångsreferens genom och Illumina / Solexa kort läser filer eller AB SOLiD färgrymd läser filer i olika format, till exempel * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta etc. ZOOM utgångar mappnings resultaten av dessa kort läser på referenssekvensen. ZOOM Lite har en snabb och noggrann kartläggning kärna bygger på en nydesignad flera åtskilda frön teori. Både enda slut och parade slutet läser av olika längder från 15bp till 240bp kan hanteras. Valfritt antal felpassningar och en insättning / borttagning av olika längder mellan läs- och dess målområde på referenssekvensen är tillåtna. Unikt mappade resultat eller bästa (topp N) resultat för varje läsning kommer att redovisas i enlighet med de minimala felpassningar och Indel längd. Kvalitets poäng används för att förbättra kartläggning noggrannhet. Utifrån kartläggningen kärnan, kan ZOOM Lite användare att ladda lokala läsdata och referenssekvensdata, välj rätt parametrar, process hög volymdata parallellt bland upp till fyra processorer, övervaka de löpande uppgifter, lagra mappningsresultat, se graferna mappningsresultat och utdataavbildning resulterar i antingen * .BED eller * .GFF filformat för ytterligare mätning med webbläsaren spårinformation UCSC. Kartläggning resultat kan ses i valfri skala, från läs djup graf över en hel kromosom till detaljerade sekvensuppställningar mellan läser och referenssekvensen. Användare enkelt navigera till områden av intresse enkelt via klicka och dra eller rulla. ZOOM Lite är ett derivat av ZOOM Studio
Vad är nytt i den här versionen.
Version 1.5 innehåller SAM exportformat, arkitektur justera, bättre kodoptimering, mindre Programmet binär storlek, och uppgraderade dabase engining för bättre prestanda.
Kommentarer hittades inte